目前，绝大部分空调工程的主机选配，还是以水冷式冷水机组为主。 选用水冷式冷水机组不论在初投资还是运行费用等方面都占有明显的优势，而且水冷式冷水机组受外界环境的影响很小，性能稳定，因此，在某工程中设计推荐采用水冷式冷水机组作为空调系统的冷源设备。针对上述两种机型的冷水机组，主要的比较如下：  水冷式机组冷凝器的传热温差一般为4～8℃，而风冷式机组的传热温差一般为8～15℃，在相同的室外环境温度下，冷却循环水的水温要比室外空气温度低，因此风冷式机组正常运转的冷凝温度要比水冷机组的冷凝温度高得多，从而使风冷式机组在相同的制冷量情况下，其耗电量比水冷式机组大。
    由于水的换热效率远远大于空气的换热效率，风冷式冷凝器与相同换热量的水冷式冷凝器相比，设备体积大，所用材料多，制造成本较高。水冷式冷水机组即使加上冷却水系统的设备费用，其总费用仍要比风冷式机组低20%左右。另外，由于风冷机组的设备名义功率比水冷机组的名义功率大，在电力增容、电控设备等方面的费用也较高。
    风冷式冷水机组是户外型机器，可以放在建筑物的屋面或室外地坪上，其冷冻水循环泵亦可与机组放在一起，不需占用机房。对于水冷式冷水机组则应该提供机房，以确保设备包括冷水机组、冷冻水循环泵、冷却水循环泵正常运行和使用寿命，同时在建筑物地屋面或室外地坪上放有冷却塔设备。由此可见，在建筑物无法提供机房的情况下，选用风冷式冷水机组，应该是一个比较可行的方式。
    由于水冷机组运转在较低的冷凝温度下，制冷效率高，机组运转的耗电量较小。一般来说，相同制冷量的水冷式冷水机组与风冷机组比较，水冷式机组的总体耗电量（包括冷却水泵及冷却塔风机的电耗量）仅为风冷式机组耗电量的70％。
    水冷式机组所使用的壳管式冷凝器在污垢积聚一定范围内，对换热效率的影响较小，因此机组性能随污垢产生而下降的幅度较小，清洗周期较长，相对维护费用会低。而风冷式机组使用的翅片式冷凝器的换热效率受灰垢积聚的影响较大，散热翅片管前必须设置滤尘栅网，并且需要频繁清洗。由于风冷式机组运转压力较高，一般安装在室外，运行环境相对较为恶劣，在维护性及可靠性方面均不如水冷式冷水机组。
     关于热泵型机组，现在已被公认为是一种有利于环境保护的高效节能装置。但在技术上尚需函待解决的问题是冬季制热能力的不足。尤其在我国北方地区（苏州地区每年也会出现一些天数），当环境温度降至零下时，其制热能力只能达到标准工况的50%左右。目前解决这一问题的主要方法一是在主机选型时选用比设计制冷量大一号或大二号的热泵型机组以满足冬季供热（这对用户的夏季运行成本是非常不利的），二是冬季仅供给少量生活热水，主要供热仍依靠其它热源。因此在空调工程的设计中，只要机房条件允许，集中供冷还是以水冷式冷水机组为主，供热则使用锅炉供热系统或依靠城市热网供应较为经济合理。